Le Dr Faucher étudie les outils utilisés par les bactéries pour infecter les humains et les animaux en consommant de l'eau et des aliments.

Mes intérêts de recherche sont dans le domaine de la génétique moléculaire, cytogénétique, génomique, l’évolution et la biodiversité des champignons mycorhiziens à arbuscules.

L’objectif de mes recherches est de comprendre la structure génétique, l’évolution et la reproduction des champignons mycorhiziens à arbuscules. De telles connaissances sont extrêmement importantes pour l’agriculture et l’aménagement de l’environnement. L’impact d’un futur savoir quant au fonctionnement au point de vue génétique de ces organismes est vital et nécessaire à la compréhension de leur rôle primordial dans la nature.

Je travaille sur l’évolution des interactions interspécifiques (plantes/ phytophages, insectes phytophages/bactéries symbiotiques) et leur rôle dans la diversification du vivant. Depuis mon recrutement à l’INRA, j’ai développé un programme de recherche sur les pucerons (Hemiptera : Aphididae). Ceux-ci représentent à la fois des modèles biologiques fascinants en biologie évolutive de par la complexité de leurs cycles de vie et  leur spécialisation vis-à-vis de leurs plantes hôtes  et un groupe d’importance agronomique puisqu’ils regroupent des espèces responsables de dégâts importants sur les cultures et les plantes d’ornementation. Mes travaux tentent à partir d’études phylogénétiques ciblées sur quelques groupes de mettre en évidence le rôle de l’adaptation vis-à-vis des plantes hôtes dans l’évolution et la diversification des pucerons. Je travaille pour cela à différentes échelles taxonomiques (au niveau genre et à l’intérieur de complexes d’espèce) reflétant différentes échelles de temps.

La biogéochimie et l’impact écosystémique des activités microbiennes du cycle de carbone et de l’azote. Les humains ont grandement perturbé le cycle global de l’azote et les recherches effectuées au sein de mon laboratoire visent à caractériser, dans différents écosystèmes, le sort et les conséquences de ces excès d’azote.

Notre travail couvre plusieurs échelles, du rôle des bactéries aux effets des pêcheries commerciales sur le déplacement de l’azote dans le monde, en passant par l’impact des espèces invasives sur les cycles biogéochimiques. Nous avons plusieurs projets dans les lacs et rivières du Québec et des États-Unis, l’Estuaire du St-Laurent et l’Océan Arctique.

La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:

1. les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
2. l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
3. les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
4. l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.