Le programme de recherche de la professeure Bernadette Pinel-Alloul se concentre sur l’écologie du plancton. Elle étudie la variation du plancton dans l’espace, en particulier ce qui influence sa répartition et sa composition (ex. : l’acidité de l’eau, l'eutrophisation, l’utilisation du bassin versant, leur niveau dans la chaîne alimentaire). De façon plus appliquée, elle étudie l’impact de l’environnement naturel et de l’être humain sur ces organismes : coupes forestières, précipitations acides, mise en eau de réservoirs nordiques, eutrophisation des lacs, contamination aux métaux lourds, etc.