Je suis un écologiste des communautés avec un large intérêt pour l'écologie des métacommunautés / méta-écosystèmes et des réseaux trophiques. Plus précisément, je cherche à comprendre les mécanismes qui structurent les communautés d'espèces en interaction et comment cette structure influence, en retour, le fonctionnement des écosystèmes. En bref, je m'intéresse à la manière dont les communautés et l'écologie des écosystèmes interagissent. Je suis également très intéressé à faire le pont entre la théorie et les sciences de la conservation en favorisant une meilleure communication entre les deux domaines et en développant un programme de recherche centré sur les tests empiriques de la théorie écologique.

La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:

1. les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
2. l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
3. les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
4. l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.