Les communautés microbiennes du sol sont extrèmement diversifiées et formées de milliers d’espèces habitant un seul gramme de sol. Beaucoup de ces microorganismes interagissent avec les plantes et peuvent favoriser l’assimilation des nutriments, réduire les dégats causés par les organismes pathogènes ou protéger les plantes contre des substances toxiques. Mon programme de recherche vise à comprendre comment les plantes sélectionnent les microorganismes favorables et stimulent leur activité, ainsi que inversement comment les microorganismes profitent aux plantes. Nous utilisons une variété d’approches de séquençage à haut débit pour cibler les communautés microbiennes entières dans différents environnements végétaux, à l’aide de métagénomique pour identifier les microorganismes et les fonctions présentes et de métatranscriptomique pou identifier les gènes exprimés.