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/ Département de sciences biologiques

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Experts en : Métagénomique du sol

Shapiro, Jesse

SHAPIRO, Jesse

Professeur agrégé

La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:

  1. les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
  2. l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
  3. les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
  4. l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.
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St-Arnaud, Marc

ST-ARNAUD, Marc

Professeur associé

Les communautés microbiennes du sol sont extrèmement diversifiées et formées de milliers d’espèces habitant un seul gramme de sol. Beaucoup de ces microorganismes interagissent avec les plantes et peuvent favoriser l’assimilation des nutriments, réduire les dégats causés par les organismes pathogènes ou protéger les plantes contre des substances toxiques. Mon programme de recherche vise à comprendre comment les plantes sélectionnent les microorganismes favorables et stimulent leur activité, ainsi que inversement comment les microorganismes profitent aux plantes. Nous utilisons une variété d’approches de séquençage à haut débit pour cibler les communautés microbiennes entières dans différents environnements végétaux, à l’aide de métagénomique pour identifier les microorganismes et les fonctions présentes et de métatranscriptomique pou identifier les gènes exprimés.

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