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Jesse Shapiro

Vcard

Professeur associé

Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques

jesse.shapiro@umontreal.ca

Postdoc
2012 , Biologie et autres sciences connexes , Université Harvard (États-Unis)

PhD
2010 , Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatique , Massachusetts Institute of Technology (États-Unis)

MSc
2004 , Biologie et autres sciences connexes , Université Oxford (Royaume-Uni)

BSc
2003 , Biologie et autres sciences connexes , Université McGill (Canada)

Affiliations

Expertises

La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:

  1. les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
  2. l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
  3. les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
  4. l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.

Encadrement Tout déplier Tout replier

Hunting for causal variants in microbial genomes Thèses et mémoires dirigés / 2022 - 2022
Diplômé(e) : Chen, Peter
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Évolution intra-hôte de Vibrio cholerae et interactions avec le microbiome intestinal Thèses et mémoires dirigés / 2021 - 2021
Diplômé(e) : Levade, Inès
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
L’évolution des pangénomes de procaryotes sur des échelles de temps humaines Thèses et mémoires dirigés / 2021 - 2021
Diplômé(e) : N'Guessan, Arnaud
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Le mercure en Arctique, de l’environnement à la santé humaine : photodéméthylation aquatique, bioaccessibilité alimentaire et interactions avec le microbiome intestinal humain Thèses et mémoires dirigés / 2018 - 2018
Diplômé(e) : Girard, Catherine
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017
Diplômé(e) : Dubois, Geneviève
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets de recherche Tout déplier Tout replier

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte

Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL) Projet de recherche au Canada / 2017 - 2025

Chercheur principal : Beatrix Beisner , Jean-François Lapierre
Co-chercheurs : Pierre Legendre , Bernadette Pinel-Alloul , Daniel Boisclair , Bernard Angers , Sébastien Sauvé , Marc Amyot , Jacques Brisson , Roxane Maranger , Christopher B. Cameron , Jesse Shapiro , Jan Franssen , Sophie Breton , Irene Gregory-Eaves , Pierre Magnan , Normand Bergeron , Andrea Bertolo , Anthony Ricciardi , Elena Bennett , P. Biron , Dylan Fraser , David Walsh , Yannick Huot , Jay Lacey , Gilbert Cabana , Hélène Glémet , Stéphane Campeau , Raphaël Proulx , Milla Rautio , Marco A. Rodriguez , Isabelle Laurion , Karem Chokmani , Claude Lavoie , Monique Poulin , Dolorès Planas , Paul Del Giorgio , Béatrix Beisner , David Bird , Yves Prairie , Alison Derry , Philippe Juneau , Andrew P. Hendry , Gregor Fussman , Elena Melania Cristescu , All Arkamose Assani , Maikel Rosabal Rodriguez , Jérôme Comte , Cassandre Lazar , Lars Lonsmann Iversen
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Microbial Evolutionary Genomics Projet de recherche au Canada / 2018 - 2023

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVX50399-Chaires de recherche du Canada

CALCUL QUEBEC Projet de recherche au Canada / 2015 - 2023

Co-chercheurs : Laurent J. Lewis , Anne Bruneau , Damian Labuda , Georges Michaud , Rémy Sauvé , Michel Côté , Jacques Drouin , Normand Mousseau , François Schiettekatte , Daniel Sinnett , Mohamed Hijri , Jesse Shapiro , Mark E. Samuels , Pierre-Louis Bellec , Armand Soldera , David Sénéchal , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Nicolas Moitessier , Stefan Sinclair , Georges Dionne , Erica Moodie , Victoria Kaspi , Lorne Archie Nelson , Jackalyn Marie Vogel , Alan C Evans , Brigitte Jaumard , Russell Davidson , Martin Aube , Ali Dolatabadi , Pierre Proulx , François Vidal , Claude Legault , Hong Guo , Alain Rochefort , André-Marie Tremblay , Alexandre Blais , Sivakumaran Nadarajah , François Bertrand , Frédéric Sirois , G. Peslherbe , Marius Paraschivoiu , André Dieter Bandrauk , Noureddine Atalla , Adam Skorek , R Platt , Hugo Larochelle , Guillaume Bourque , W Robert J Funnell , Sang Yong Jeon , Guy Moore , Jacek A. Majewski , Andrew Piper , Luc Mongeau , Daniel Joseph Kirshbaum , Jun Song , Jean-Yves Trépanier , François Guibault , Éric Laurendeau , Wagdi Habashi , Thomas Fevens , Kalifa Goïta , Stéphane Moreau , Patrizio Antici , Dany Dumont , Jannette Frandsen , Gabriel Crainic , Marc Parizeau , Leandro Coelho , Hugo Martel , Laxmi Sushama , Guy Dumas , Christian Gagné , Pierre Gauthier , Louis Jean Dubé , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Arnaud Droit , Frédéric Maps , Abdelkader Baggag , René Laprise , Simon Guillotte , Marie-Jean Meurs
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics Projet de recherche au Canada / 2016 - 2022

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Hélène Trudeau , Peter Dietsch , Roxane Maranger , Jesse Shapiro , Hugo Tremblay , Nicolas Tromas , Justin Leroux , Benoit Barbeau , Jerome Dupras , Michèle Prévost , Charles Will Greer , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Satinder Kaur Brar , Maximiliano Cledon , Paul Lanoie , Thomas Poder
Sources de financement : Génome Canada , Génome Québec , Génome Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , , PVXXXXXX-Programme d'aide lié à la COVID-19

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2022

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Hélène Trudeau , Peter Dietsch , Roxane Maranger , Jesse Shapiro , Hugo Tremblay , Nicolas Tromas , Justin Leroux , Benoit Barbeau , Jerome Dupras , Michèle Prévost , Charles Will Greer , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Thomas Poder , Satinder Kaur Brar , Maximiliano Cledon , Paul Lanoie
Sources de financement : Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Programmes de subvention :

GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION Projet de recherche au Canada / 2014 - 2022

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

Supplément COVID-19 CRSNG_The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2020 - 2021

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19

Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales. Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Jerome Dupras , Fernando Martínez-Jerónimo
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)

Nutrient analyzer for an aquatic research platform Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Roxane Maranger
Co-chercheurs : Marc Amyot , Jesse Shapiro , Jean-François Lapierre
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Leonid Chindelevitch
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Leonid Chindelevitch
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : Génome Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.

Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing Projet de recherche au Canada / 2017 - 2021

Chercheur principal : David Guttman
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)

A toolkit for genome-wide association studies in bacteria Projet de recherche au Canada / 2016 - 2021

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Luis Barreiro
Sources de financement : Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS Projet de recherche au Canada / 2013 - 2021

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises Projet de recherche au Canada / 2017 - 2020

Chercheur principal : Steven Kembel
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection Projet de recherche au Canada / 2016 - 2019

Chercheur principal : Sarah Dorner
Co-chercheurs : Sébastien Sauvé , Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Nicolas Tromas
Sources de financement : Commission européenne (La)
Programmes de subvention :

Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :

CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE Projet de recherche au Canada / 2013 - 2018

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVX50399-Chaires de recherche du Canada

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2013 - 2016

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :

Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2015

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

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