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Jesse Shapiro

Vcard

Professeur agrégé

Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques

Marie-Victorin local F-208-6

jesse.shapiro@umontreal.ca

Travail 1 : 514 343-6033

Postdoc
2012 , Biologie et autres sciences connexes , Université Harvard (États-Unis)

PhD
2010 , Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatique , Massachusetts Institute of Technology (États-Unis)

MSc
2004 , Biologie et autres sciences connexes , Université Oxford (Royaume-Uni)

BSc
2003 , Biologie et autres sciences connexes , Université McGill (Canada)

Affiliations

Programmes d’enseignement

  • Baccalauréat en sciences biologiques – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie Environnement et développement durable
  • Maîtrise en sciences biologiques – Sciences de la santé Sciences de la vie Environnement et développement durable Sciences pures et sciences appliquées
  • Doctorat en sciences biologiques – Sciences pures et sciences appliquées Sciences de la santé Sciences de la vie Environnement et développement durable

Cours donnés

  • BIO3260 Génomique microbienne
  • BIO6260 Génomique microbienne

Expertises

La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:

  1. les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
  2. l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
  3. les virus hemorragiques (Lassa et Ebola),
  4. l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis.

Encadrement Tout déplier Tout replier

Le mercure en Arctique, de l’environnement à la santé humaine : photodéméthylation aquatique, bioaccessibilité alimentaire et interactions avec le microbiome intestinal humain Thèses et mémoires dirigés / 2018 - 2018
Diplômé(e) : Girard, Catherine
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017
Diplômé(e) : Dubois, Geneviève
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.

Projets de recherche Tout déplier Tout replier

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte

Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL) Projet de recherche au Canada / 2017 - 2024

Chercheur principal : Beatrix Beisner
Co-chercheurs : Bernadette Pinel-Alloul , Roxane Maranger , Jesse Shapiro , Jan Franssen , Jean-François Lapierre , Jacques Brisson , Christopher B. Cameron , Jeffrey Cardille , Pierre Legendre , Daniel Boisclair , Marc Amyot , Bernard Angers , Sébastien Sauvé , Claude Lavoie , Monique Poulin , Andrea Bertolo , Andrew P. Hendry , Anthony Ricciardi , Gregor Fussman , Irene Gregory-Eaves , Elena Bennett , Elena Melania Cristescu , P. Biron , Dylan Fraser , David Walsh , Yannick Huot , Jay Lacey , David Bird , Dolorès Planas , Yves Prairie , Paul Del Giorgio , Philippe Juneau , Alison Derry , Gilbert Cabana , Hélène Glémet , Pierre Magnan , Stéphane Campeau , All Arkamose Assani , Raphaël Proulx , Milla Rautio , Marco A. Rodriguez , Normand Bergeron , Isabelle Laurion , Karem Chokmani , Sophie Breton , Béatrix Beisner
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Microbial Evolutionary Genomics Projet de recherche au Canada / 2018 - 2023

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVX50399-Chaires de recherche du Canada

CALCUL QUEBEC Projet de recherche au Canada / 2015 - 2022

Chercheur principal : Paul Charbonneau , Timothée Poisot
Co-chercheurs : Damian Labuda , Jesse Shapiro , Mohamed Hijri , Daniel Sinnett , Mark E. Samuels , Laurent J. Lewis , Normand Mousseau , Jacques Drouin , Anne Bruneau , Georges Michaud , François Schiettekatte , Rémy Sauvé , Michel Côté , Pierre-Louis Bellec , Louis Jean Dubé , Guy Dumas , Marc Parizeau , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Hugo Martel , Christian Gagné , Arnaud Droit , Frédéric Maps , R Platt , Alan C Evans , W Robert J Funnell , Hong Guo , Victoria Kaspi , Sang Yong Jeon , Nikolas Provatas , Russell Davidson , Jackalyn Marie Vogel , Nicolas Moitessier , Guy Moore , Sivakumaran Nadarajah , Abdelkader Baggag , Erica Moodie , Jacek A. Majewski , Andrew Piper , Luc Mongeau , Guillaume Bourque , Stefan Sinclair , Daniel Joseph Kirshbaum , Jun Song , Brigitte Jaumard , Jean-Yves Trépanier , François Guibault , François Bertrand , Alain Rochefort , Frédéric Sirois , Éric Laurendeau , Georges Dionne , Wagdi Habashi , G. Peslherbe , Thomas Fevens , Marius Paraschivoiu , Ali Dolatabadi , André Dieter Bandrauk , André-Marie Tremblay , Pierre Proulx , Noureddine Atalla , David Sénéchal , Armand Soldera , Kalifa Goïta , Alexandre Blais , Claude Legault , Stéphane Moreau , Hugo Larochelle , Gabriel Crainic , René Laprise , Pierre Gauthier , Laxmi Sushama , Simon Guillotte , Adam Skorek , Patrizio Antici , Dany Dumont , François Vidal , Jannette Frandsen , Lorne Archie Nelson , Martin Aube , Leandro Coelho , Jacques Drouin , Louis Jean Dubé , Guy Dumas , Marc Parizeau , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Hugo Martel , Christian Gagné , Arnaud Droit , Frédéric Maps , Sivakumaran Nadarajah , Abdelkader Baggag , Hugo Larochelle , Gabriel Crainic , René Laprise , Pierre Gauthier , Laxmi Sushama , Simon Guillotte , Leandro Coelho , Hugo Larochelle , Sivakumaran Nadarajah , Pierre-Étienne Jacques
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales. Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Jerome Dupras , Fernando Martínez-Jerónimo
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Leonid Chindelevitch
Sources de financement : Génome Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Leonid Chindelevitch
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing Projet de recherche au Canada / 2017 - 2021

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : David Guttman
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)

GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION Projet de recherche au Canada / 2014 - 2021

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques

Nutrient analyzer for an aquatic research platform Projet de recherche au Canada / 2018 - 2020

Chercheur principal : Roxane Maranger
Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Jean-François Lapierre , Marc Amyot
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises Projet de recherche au Canada / 2017 - 2020

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Steven Kembel
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises Projet de recherche au Canada / 2017 - 2020

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Steven Kembel
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2020

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Roxane Maranger , Hélène Trudeau , Hugo Tremblay , Jesse Shapiro , Peter Dietsch , Charles Will Greer , Michèle Prévost , Benoit Barbeau , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Justin Leroux , Thomas Poder , Satinder Kaur Brar , Jerome Dupras , Maximiliano Cledon , Nicolas Tromas , Paul Lanoie
Sources de financement : Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Programmes de subvention :

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics Projet de recherche au Canada / 2016 - 2020

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Roxane Maranger , Hélène Trudeau , Hugo Tremblay , Jesse Shapiro , Peter Dietsch , Charles Will Greer , Michèle Prévost , Benoit Barbeau , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Justin Leroux , Thomas Poder , Satinder Kaur Brar , Jerome Dupras , Maximiliano Cledon , Nicolas Tromas , Paul Lanoie , Thomas Poder
Sources de financement : Génome Canada , Génome Québec
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. ,

EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS Projet de recherche au Canada / 2013 - 2020

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention : PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection Projet de recherche au Canada / 2016 - 2019

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Jesse Shapiro , Sarah Dorner
Sources de financement : CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Programmes de subvention :

A toolkit for genome-wide association studies in bacteria Projet de recherche au Canada / 2016 - 2019

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Luis Barreiro
Sources de financement : Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , PVXX5647-Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Nicolas Tromas
Sources de financement : Commission européenne (La)
Programmes de subvention :

Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :

CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE Projet de recherche au Canada / 2013 - 2018

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVX50399-Chaires de recherche du Canada

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms Projet de recherche au Canada / 2015 - 2017

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Co-chercheurs : Nicolas Tromas
Sources de financement : Commission européenne (La)
Programmes de subvention :

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2013 - 2016

Chercheur principal : Jesse Shapiro
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention :

Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2015

Chercheur principal : Sébastien Sauvé
Co-chercheurs : Jesse Shapiro
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

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