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/ Department of Biological Sciences

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Jesse Shapiro

Vcard

Professeur associé

Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques

jesse.shapiro@umontreal.ca

Postdoc
2012 , Biologie et autres sciences connexes , Université Harvard (États-Unis)

PhD
2010 , Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatique , Massachusetts Institute of Technology (États-Unis)

MSc
2004 , Biologie et autres sciences connexes , Université Oxford (Royaume-Uni)

BSc
2003 , Biologie et autres sciences connexes , Université McGill (Canada)

Affiliations

Areas of Expertise

Student supervision Expand all Collapse all

Évolution intra-hôte de Vibrio cholerae et interactions avec le microbiome intestinal Thèses et mémoires dirigés / 2021 - 2021
Graduate : Levade, Inès
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
L’évolution des pangénomes de procaryotes sur des échelles de temps humaines Thèses et mémoires dirigés / 2021 - 2021
Graduate : N'Guessan, Arnaud
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Le mercure en Arctique, de l’environnement à la santé humaine : photodéméthylation aquatique, bioaccessibilité alimentaire et interactions avec le microbiome intestinal humain Thèses et mémoires dirigés / 2018 - 2018
Graduate : Girard, Catherine
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017
Graduate : Dubois, Geneviève
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Research projects Expand all Collapse all

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte

Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL) Projet de recherche au Canada / 2017 - 2025

Lead researcher : Beatrix Beisner
Co-researchers : Bernadette Pinel-Alloul , Roxane Maranger , Jesse Shapiro , Jan Franssen , Jean-François Lapierre , Jacques Brisson , Christopher B. Cameron , Pierre Legendre , Daniel Boisclair , Marc Amyot , Bernard Angers , Sébastien Sauvé , Sophie Breton , Claude Lavoie , Monique Poulin , Andrea Bertolo , Andrew P. Hendry , Anthony Ricciardi , Gregor Fussman , Irene Gregory-Eaves , Elena Bennett , Elena Melania Cristescu , P. Biron , Dylan Fraser , David Walsh , Yannick Huot , Jay Lacey , David Bird , Dolorès Planas , Yves Prairie , Paul Del Giorgio , Béatrix Beisner , Philippe Juneau , Alison Derry , Gilbert Cabana , Hélène Glémet , Pierre Magnan , Stéphane Campeau , All Arkamose Assani , Raphaël Proulx , Milla Rautio , Marco A. Rodriguez , Normand Bergeron , Isabelle Laurion , Karem Chokmani , Jérôme Comte
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Microbial Evolutionary Genomics Projet de recherche au Canada / 2018 - 2023

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada

CALCUL QUEBEC Projet de recherche au Canada / 2015 - 2023

Co-researchers : Jesse Shapiro , Mohamed Hijri , Daniel Sinnett , Mark E. Samuels , Laurent J. Lewis , Normand Mousseau , Anne Bruneau , Georges Michaud , François Schiettekatte , Rémy Sauvé , Michel Côté , Pierre-Louis Bellec , Damian Labuda , Jacques Drouin , Louis Jean Dubé , Guy Dumas , Marc Parizeau , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Hugo Martel , Christian Gagné , Arnaud Droit , Frédéric Maps , R Platt , Alan C Evans , W Robert J Funnell , Hong Guo , Victoria Kaspi , Sang Yong Jeon , Nikolas Provatas , Russell Davidson , Jackalyn Marie Vogel , Nicolas Moitessier , Guy Moore , Sivakumaran Nadarajah , Abdelkader Baggag , Erica Moodie , Jacek A. Majewski , Andrew Piper , Luc Mongeau , Guillaume Bourque , Stefan Sinclair , Daniel Joseph Kirshbaum , Jun Song , Brigitte Jaumard , Jean-Yves Trépanier , François Guibault , François Bertrand , Alain Rochefort , Frédéric Sirois , Éric Laurendeau , Georges Dionne , Wagdi Habashi , G. Peslherbe , Thomas Fevens , Marius Paraschivoiu , Ali Dolatabadi , André Dieter Bandrauk , André-Marie Tremblay , Pierre Proulx , Noureddine Atalla , David Sénéchal , Armand Soldera , Kalifa Goïta , Alexandre Blais , Claude Legault , Stéphane Moreau , Hugo Larochelle , Pierre-Étienne Jacques , Gabriel Crainic , René Laprise , Pierre Gauthier , Laxmi Sushama , Simon Guillotte , Adam Skorek , Patrizio Antici , Dany Dumont , François Vidal , Jannette Frandsen , Lorne Archie Nelson , Martin Aube , Leandro Coelho , Marie-Jean Meurs
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics Projet de recherche au Canada / 2016 - 2022

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Roxane Maranger , Hélène Trudeau , Hugo Tremblay , Jesse Shapiro , Peter Dietsch , Nicolas Tromas , Charles Will Greer , Michèle Prévost , Benoit Barbeau , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Paul Lanoie , Justin Leroux , Thomas Poder , Satinder Kaur Brar , Jerome Dupras , Maximiliano Cledon
Funding sources: Génome Canada , Génome Québec
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. ,

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2022

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Roxane Maranger , Hélène Trudeau , Hugo Tremblay , Jesse Shapiro , Peter Dietsch , Nicolas Tromas , Charles Will Greer , Michèle Prévost , Benoit Barbeau , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Paul Lanoie , Justin Leroux , Thomas Poder , Satinder Kaur Brar , Jerome Dupras , Maximiliano Cledon
Funding sources: Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Grant programs:

GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION Projet de recherche au Canada / 2014 - 2022

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

Supplément COVID-19 CRSNG_The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2020 - 2021

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19

Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales. Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Jesse Shapiro , Jerome Dupras , Fernando Martínez-Jerónimo
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)

Nutrient analyzer for an aquatic research platform Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Lead researcher : Roxane Maranger
Co-researchers : Jesse Shapiro , Jean-François Lapierre , Marc Amyot
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Leonid Chindelevitch
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Lead researcher : Leonid Chindelevitch
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: Génome Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.

Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing Projet de recherche au Canada / 2017 - 2021

Lead researcher : David Guttman
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)

A toolkit for genome-wide association studies in bacteria Projet de recherche au Canada / 2016 - 2021

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Luis Barreiro
Funding sources: Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS Projet de recherche au Canada / 2013 - 2021

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises Projet de recherche au Canada / 2017 - 2020

Lead researcher : Steven Kembel
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection Projet de recherche au Canada / 2016 - 2019

Lead researcher : Sarah Dorner
Co-researchers : Jesse Shapiro , Sébastien Sauvé
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Co-researchers : Jesse Shapiro , Nicolas Tromas
Funding sources: Commission européenne (La)
Grant programs:

Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:

CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE Projet de recherche au Canada / 2013 - 2018

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2013 - 2016

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:

Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2015

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:

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