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/ Department of Biological Sciences

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Jesse Shapiro

Vcard

Professeur associé

Faculté des arts et des sciences - Département de sciences biologiques

jesse.shapiro@umontreal.ca

Postdoc
2012 , Biologie et autres sciences connexes , Université Harvard (États-Unis)

PhD
2010 , Biologie et autres sciences connexes, Bio-informatique , Massachusetts Institute of Technology (États-Unis)

MSc
2004 , Biologie et autres sciences connexes , Université Oxford (Royaume-Uni)

BSc
2003 , Biologie et autres sciences connexes , Université McGill (Canada)

Affiliations

Areas of Expertise

Student supervision Expand all Collapse all

Hunting for causal variants in microbial genomes Thèses et mémoires dirigés / 2022 - 2022
Graduate : Chen, Peter
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Évolution intra-hôte de Vibrio cholerae et interactions avec le microbiome intestinal Thèses et mémoires dirigés / 2021 - 2021
Graduate : Levade, Inès
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
L’évolution des pangénomes de procaryotes sur des échelles de temps humaines Thèses et mémoires dirigés / 2021 - 2021
Graduate : N'Guessan, Arnaud
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.
Le mercure en Arctique, de l’environnement à la santé humaine : photodéméthylation aquatique, bioaccessibilité alimentaire et interactions avec le microbiome intestinal humain Thèses et mémoires dirigés / 2018 - 2018
Graduate : Girard, Catherine
Cycle : Doctoral
Grade : Ph. D.
Dynamique saisonnière du microbiome intestinal en réponse à la diète traditionnelle inuite Thèses et mémoires dirigés / 2017 - 2017
Graduate : Dubois, Geneviève
Cycle : Master's
Grade : M. Sc.

Research projects Expand all Collapse all

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PV118029-(RGPAS) Programme de suppléments d'accélération à la découverte

Groupe de recherche interuniversitaire en limnologie et en environnement aquatique (GRIL) Projet de recherche au Canada / 2017 - 2025

Co-researchers : Pierre Legendre , Bernadette Pinel-Alloul , Daniel Boisclair , Bernard Angers , Sébastien Sauvé , Marc Amyot , Jacques Brisson , Roxane Maranger , Christopher B. Cameron , Jesse Shapiro , Jan Franssen , Sophie Breton , Irene Gregory-Eaves , Pierre Magnan , Normand Bergeron , Andrea Bertolo , Anthony Ricciardi , Elena Bennett , P. Biron , Dylan Fraser , David Walsh , Yannick Huot , Jay Lacey , Gilbert Cabana , Hélène Glémet , Stéphane Campeau , Raphaël Proulx , Milla Rautio , Marco A. Rodriguez , Isabelle Laurion , Karem Chokmani , Claude Lavoie , Monique Poulin , Dolorès Planas , Paul Del Giorgio , Béatrix Beisner , David Bird , Yves Prairie , Alison Derry , Philippe Juneau , Andrew P. Hendry , Gregor Fussman , Elena Melania Cristescu , All Arkamose Assani , Maikel Rosabal Rodriguez , Jérôme Comte , Cassandre Lazar , Lars Lonsmann Iversen
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

Microbial Evolutionary Genomics Projet de recherche au Canada / 2018 - 2023

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada

CALCUL QUEBEC Projet de recherche au Canada / 2015 - 2023

Co-researchers : Laurent J. Lewis , Anne Bruneau , Damian Labuda , Georges Michaud , Rémy Sauvé , Michel Côté , Jacques Drouin , Normand Mousseau , François Schiettekatte , Daniel Sinnett , Mohamed Hijri , Jesse Shapiro , Mark E. Samuels , Pierre-Louis Bellec , Armand Soldera , David Sénéchal , Nikolas Provatas , Pierre-Étienne Jacques , Pierre-Étienne Jacques , Nicolas Moitessier , Stefan Sinclair , Georges Dionne , Erica Moodie , Victoria Kaspi , Lorne Archie Nelson , Jackalyn Marie Vogel , Alan C Evans , Brigitte Jaumard , Russell Davidson , Martin Aube , Ali Dolatabadi , Pierre Proulx , François Vidal , Claude Legault , Hong Guo , Alain Rochefort , André-Marie Tremblay , Alexandre Blais , Sivakumaran Nadarajah , François Bertrand , Frédéric Sirois , G. Peslherbe , Marius Paraschivoiu , André Dieter Bandrauk , Noureddine Atalla , Adam Skorek , R Platt , Hugo Larochelle , Guillaume Bourque , W Robert J Funnell , Sang Yong Jeon , Guy Moore , Jacek A. Majewski , Andrew Piper , Luc Mongeau , Daniel Joseph Kirshbaum , Jun Song , Jean-Yves Trépanier , François Guibault , Éric Laurendeau , Wagdi Habashi , Thomas Fevens , Kalifa Goïta , Stéphane Moreau , Patrizio Antici , Dany Dumont , Jannette Frandsen , Gabriel Crainic , Marc Parizeau , Leandro Coelho , Hugo Martel , Laxmi Sushama , Guy Dumas , Christian Gagné , Pierre Gauthier , Louis Jean Dubé , Louis Pérusse , Alain De Champlain , Daniel Reinharz , Arnaud Droit , Frédéric Maps , Abdelkader Baggag , René Laprise , Simon Guillotte , Marie-Jean Meurs
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(RS) Programme de regroupements stratégiques

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics Projet de recherche au Canada / 2016 - 2022

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Hélène Trudeau , Peter Dietsch , Roxane Maranger , Jesse Shapiro , Hugo Tremblay , Nicolas Tromas , Justin Leroux , Benoit Barbeau , Jerome Dupras , Michèle Prévost , Charles Will Greer , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Satinder Kaur Brar , Maximiliano Cledon , Paul Lanoie , Thomas Poder
Funding sources: Génome Canada , Génome Québec , Génome Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , , PVXXXXXX-Programme d'aide lié à la COVID-19

ATRAPP - Algal Blooms, Treatment, Risk Assessment, Prediction and Prevention through Genomics. Projet de recherche au Canada / 2016 - 2022

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Hélène Trudeau , Peter Dietsch , Roxane Maranger , Jesse Shapiro , Hugo Tremblay , Nicolas Tromas , Justin Leroux , Benoit Barbeau , Jerome Dupras , Michèle Prévost , Charles Will Greer , Sarah Dorner , Sophie Bernard , Thomas Poder , Satinder Kaur Brar , Maximiliano Cledon , Paul Lanoie
Funding sources: Ville de St-Jean-sur-le-Richelieu
Grant programs:

GENOMIC ANALYSIS OF CHOLERA TRANSMISSION AND MICROEVOLUTION Projet de recherche au Canada / 2014 - 2022

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

Supplément COVID-19 CRSNG_The origins of bacterial species and pangenomes in the wild Projet de recherche au Canada / 2020 - 2021

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-Supplément à l’appui des étudiants, des stagiaires postdoctoraux et du personnel de soutien à la recherche COVID-19

Analyse des communautés de cyanobactéries, cyanotoxines et des facteurs environnementaux contribuant aux efflorescences algales. Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Jesse Shapiro , Jerome Dupras , Fernando Martínez-Jerónimo
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-Programme bilatéral de recherche collaborative Québec-Mexique (financement partagé entre les fonds de recherche du Québec)

Nutrient analyzer for an aquatic research platform Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Lead researcher : Roxane Maranger
Co-researchers : Marc Amyot , Jesse Shapiro , Jean-François Lapierre
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVXXXXXX-(OIR) Outils et d'instruments de recherche (OIR) -1 -(de 7 001 $ à 150 000 $)

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - Partie Génome Québec Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Leonid Chindelevitch
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:

Machine learning methods to predict drug resistance in pathogenic bacteria - partie Genome Canada via Genome BC - SFU Projet de recherche au Canada / 2018 - 2021

Lead researcher : Leonid Chindelevitch
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: Génome Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech.

Next-Generation Antimicrobial Diagnostics:Speed and Precision via Whole Genome Sequencing Projet de recherche au Canada / 2017 - 2021

Lead researcher : David Guttman
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-(PRCS) Recherche concertée sur la santé (en partenariat avec le CRSNG)

A toolkit for genome-wide association studies in bacteria Projet de recherche au Canada / 2016 - 2021

Lead researcher : Jesse Shapiro
Co-researchers : Luis Barreiro
Funding sources: Génome Canada , IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Grant programs: PVXXXXXX-Projets de recherche en génomique à grande échelle et Plates-formes scientifiques tech. , PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

EVOLUTIONARY DYNAMICS AND POPULATION GENOMICS OF CYANOBACTERIAL BLOOMS Projet de recherche au Canada / 2013 - 2021

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs: PVX20965-(RGP) Programme de subvention à la découverte individuelle ou de groupe

La génomique évolutive et l'importance écologique des interactions plantemicrobienne pour les forêts québécoises Projet de recherche au Canada / 2017 - 2020

Lead researcher : Steven Kembel
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PV113724-(PR) Projets de recherche en équipe (et possibilité d'équipement la première année)

Urban stormwater and municipal effluents: innovative solutions for source water protection Projet de recherche au Canada / 2016 - 2019

Lead researcher : Sarah Dorner
Co-researchers : Sébastien Sauvé , Jesse Shapiro
Funding sources: CRSNG/Conseil de recherches en sciences naturelles et génie du Canada (CRSNG)
Grant programs:

Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in freshwater blooms Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Co-researchers : Jesse Shapiro , Nicolas Tromas
Funding sources: Commission européenne (La)
Grant programs:

Quel est l'impact des réseaux d'interaction phage-bactérie sur la dynamique des floraisons de cyanobactéries Projet de recherche au Canada / 2015 - 2018

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Grant programs: PVXXXXXX-(NC) Établissement de la relève professorale

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:

CHAIRE DE RECHERCHE DU CANADA - GENOMIQUE MICROBIENNE EVOLUTIONNAIRE Projet de recherche au Canada / 2013 - 2018

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Grant programs: PVX50399-Chaires de recherche du Canada

LABORATORY OF MICROBIAL EVOLUTIONARY GENOMICS Projet de recherche au Canada / 2013 - 2016

Lead researcher : Jesse Shapiro
Funding sources: FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Grant programs:

Concours Génome Canada 2015 / Avis d'octroi - Financement de soutien (Soutien à l'élaboration d'une demande de subvention) Projet de recherche au Canada / 2015 - 2015

Lead researcher : Sébastien Sauvé
Co-researchers : Jesse Shapiro
Funding sources: Génome Québec
Grant programs:

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